Package R/fr

rvle, ''R-Package for VLE

= Description =

rvle est un paquet pour l'utilisation de l'environnement VLE depuis R. Ce paquet fournit la possibilité de lire des fichiers vpz, d'affecter des conditions initiales aux modèles, de simuler les modèles avec ces conditions et de récupérer des résultats de simulations.

RVLE est disponible sous forme de dépôt Git, sur Sourceforge.

= Utilisation =

Téléchargement de la version de développement
La page Téléchargement vous permettra d'accéder à la version officielle la plus avancée du paquet RVLE.

Si vous voulez accéder à la version en cours de développement du paquet RVLE, utilisez Git. Les lignes suivantes sont suffisantes pour récupérer les dernières versions des logiciels sur Debian ou Ubuntu :

Installation
Par défaut les packages R s'installent dans le répertoire /usr/lib/R/site-library si vous voulez installer les nouveaux packages dans votre compte alors il faut déclarer un fichier .Renviron à la racine de votre compte. Ce fichier contient un chemin, R_LIBS=/home/login/usr/lib, par exemple.

Une fois le paquet téléchargé, et décompressé, vous disposez d'un répertoire racine du paquet .../rvle.

Avant de procéder à l'installation de rvle, il faut impérativement installer le package RUnit. Lancez R et tapez :

L'installation débute par la compilation, tapez la commande suivante sous un shell :

Attention, il faut être placé au-dessus du répertoire contenant les sources du package (rvle, dans note cas).

Ou, vous pouvez lancer R et taper la commande d'installation :

Usage
Le package est maintenant installé. Vous pouvez l'utiliser en la chargeant :

Pour accéder à la liste des commandes :

Pour accéder à la documentation en ligne concernant une commande en particulier (ex: rvle.open) :

Premier cas
Dans ce premier cas, un fichier vpz est chargé, on fixe quelques conditions initiales et on exécute la simulation. Les sorties se font a priori dans un fichier.

Pour tester la bibliothèque rvle, voici un petit script R :

Remarque, si le fichier vpz fait parti d'un projet(ou paquet) du système vle, un argument supplémentaire doit être transmis à la commande "open", pour le signifier:

Deuxième cas
Pour un exemple plus complexe, vous pouvez aller voir le lien avec une méthode d'analyse de sensibilité.

Troisième cas
On peut avoir envie de récupérer l'ensemble ou une partie des sorties de la simulation directement dans des variables R de type matrix. Il est impératif d'utiliser le type storage pour sa sortie et il faut une sortie de ce type par vue. Du côté du code R, il suffit d'utiliser la fonction rvle.runMatrix ou rvle.runManagerMatrix dans le cas de l'exécution d'un plan simple.

En voici un exemple :

L'accès aux données est alors possible via la variable result qui est une matrice de listes de matrices. Pour accéder à une donnée liée à une observation à une date donnée d'une vue particulière et d'une instance donnée (qui est le couple replicat, combinaison), il faut faire : où i est l'indice de l'observation. Les indices correspondent à l'ordre résultant du tri alphabétique des noms d'observations.

Si votre vpz contient qu'une seule instance (pas de replicat et pas de valeur multiple sur les conditions initiales) :

Quatrième cas
Pour confier à vle l'exécution d'un plan simple de simulations.

= Historique =
 * septembre 2009, les noms des commandes du paquet RVLE font l'objet d'un processus de normalisation. Rvle et Pyvle utilisent les mêmes noms et la même convention.
 * 20 novembre 2007, première version béta du paquet avec la possibilité de charger un fichier vpz, de modifier ses conditions initiales et de lancer une simulation.

= Références =

http://www.r-project.org/